Tempus spada u tkz. centralizovane EU programe i njime upravlja Evropska komisija tj. njena Izvršna agencija za programe iz oblasti obrazovanja, medija i kulture (the Education, Audiovisual and Culture Agency Executive Agency - EACEA) a u tesnoj saradnji sa Direktoratima za obrazovanje i kulturu, Direktoratom za proširenje i organizacijom EuropeAid.
Evropska komisija se u svom radu oslanja na mrežu Tempus kancelarija u zemljama članicama EU i partnerskim zemljama. Uloga nacionalnih Tempus kancelarija je neposredno pružanje informacija i asistencije institucijama koje učestvuju u programu. Pored toga, Tempus kancelarije u partnerskim zemljama uključene su u praćenje i nadzor implementacije projekata (project monitoring).
Predloge zajedničkih projekata i projekata strukturnih mera prima i selekciju organizuje Izvršna agencija za programe iz oblasti obrazovanja, medija i kulture (EACEA). Direktorati za obrazovanje i kulturu, Direktorat za proširenje, Direktorat za spoljne odnose kao i EuropeAid uključeni su u selekciju.
Evropska komisija preuzima konačnu odluku o selekciji projekata, nakon konsultacija sa ministarstvima nadležnim za visoko obrazovanje iz partnerskih zemalja, Delegacijama Evropske komisije/unije i nacionalnim Tempus kancelarijama.